A história da Unimed Meio Oeste Catarinense começou em 1992, por meio do diretor comercial da Fecomed, Mauro Dreger, foi criada em Joaçaba a seccional da Federação das Unimeds do Estado de Santa Catarina.
Na época, a Unimed catarinense implantava um grande plano de expansão e buscava novos centros para instalações dos escritórios, que funcionavam como filiais. Joaçaba foi pioneira na região, logo após vieram as seccionais de Videira, Concórdia, Curitibanos e Xanxerê.
Depois de um breve período de entrevistas em instalações provisórias, o escritório da Unimed Meio Oeste Catarinense passou para o Edifício Monalisa, no centro de Joaçaba. Devido ao grande potencial, a seccional passou a ser uma singular em 21 de maio de 1996. Nesse ano, já eram sete funcionários e o escritório começava a ficar pequeno.
Em 1999, a Unimed Meio Oeste Catarinense deu seu grande salto: um contrato com a Cooperavisu dobrou o número de clientes. Em três meses, a seccional chegou à marca dos 15 mil clientes e o quadro administrativo precisou ser ampliado, assim como o espaço físico da cooperativa. Foi alugada, então, uma casa no centro da cidade. A mesma foi totalmente reformada e mais tarde comprada pela Unimed Meio Oeste Catarinense. Hoje, a sede da singular é um ponto de referência no município de Joaçaba. Do inicial escritório improvisado até a instalação de toda a estrutura administrativa e de atendimento na imponente estrutura localizada na principal avenida da cidade, muita coisa aconteceu.
No ano de 2021, em seu 25° aniversário, a antiga Unimed Joaçaba passou a ser chamada Unimed Meio Oeste Catarinense.