Desde 2003, o São Joaquim Hospital e Maternidade faz parte da Acreditação Hospitalar, um sistema de avaliação e certificação dos processos médicos e administrativos de serviços de saúde que utiliza como base padrões e normas pré-estabelecidas pelas mais importantes instituições médicas do Brasil e do Mundo.

Em 2024 o Hospital recebeu a acreditação Qmentum nível Diamond da Quality Global Alliance, o que comprova a qualidade internacional da instituição.