A Emergência do São Joaquim destina-se ao atendimento inicial das situações médicas caracterizadas como emergência e urgência. Equipes multidisciplinares formadas por profissionais das áreas de clínica geral, cirurgia geral e enfermagem trabalham em regime de plantão 24h. Por meio de um sistema ágil e totalmente integrado com as demais áreas do São Joaquim, o paciente é classificado conforme sua gravidade clínica e tem acesso à avaliação médica, exames e internação sempre que necessário.

Além da equipe de emergencialistas clínicos e pediátricos, há também a presença de cirurgiões, intensivistas, ginecologistas, obstetras e ortopedistas.